選擇好凝膠成像系統(tǒng)后，配套的軟件選擇也很重要。硬件設備再好，如果不配上好的軟件，也無法發(fā)揮它應有的功能，作為凝膠成像系統(tǒng)軟件功能和用途基本相似，下面為一般關(guān)注的幾點：
1、圖象采集方式：對于化學發(fā)光或多色熒光產(chǎn)品，軟件應具備電影模式，可進行圖象多禎累計功能來增強線性動態(tài)范圍和數(shù)據(jù)準確度。
2、軟件的基本功能：可對不同樣品，如條帶，斑點，細菌克隆，芯片，細胞或活體動物等進行定性和定量分析，加批注，輸出圖像等操作。
3、曝光方式：應采用單一曝光、多重曝光、累計曝光、延時(定時)曝光多種模式可選。
4、數(shù)據(jù)庫功能也是*的，這樣可以檢索，分類或比較所有生成的圖象，可以利用不同的顯示算法程序圖像化顯示條帶差異。
5、操作簡便，軟件應具備操作輔助工具，是軟件操作更簡單易用。一般采用三步式泳道及條帶分析，可以快速計算蛋白質(zhì)和核酸的分子量及含量。
6、記憶功能：軟件能記憶并自動調(diào)用成像數(shù)據(jù)，這樣不用每次設置就能獲得重復性好的結(jié)果。
7、軟件應配備兩套以上，使用單機版，多用戶版或網(wǎng)絡版，用戶可彼此獨立操作，互不干擾，互不混淆。
凝膠成像系統(tǒng)適用于ID膠、斑點/狹縫印跡、平板、菌落、放射自顯影、多排膠、蛋白膠、GFP、PCR、考馬斯亮藍及銀染的膠及ZYMA膠；可進行凝膠圖像分析、克隆計數(shù)分析、手動條帶定量和斑點分析。
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